Afghanistans topografi har bidratt til å holde mennesker og samfunn isolert fra hverandre. I løpet av 1900-tallet økte kontakten mellom de ulike gruppene med utviklingen av landets kommunikasjon og konsolidering av statsmakten. Denne kontakten fortsatte etter Sovjetunionens invasjon, selv om landets utvikling stagnerte, og okkupasjonen ga gruppene en felles fiende å kjempe mot.

Pashtunerne

Afghanernes største folkegruppe historisk og politisk er pashtunerne, som før Sovjets invasjon var regnet å utgjøre rundt 6 millioner mennesker. De fleste pashtunerne er sunni-muslimer. De utgjør verdens største gjenværende stammesamfunn, og de har dominert regjeringsmaktene i Afghanistan siden 1700-tallet. De fleste pashtunerne er bønder, men et mindretall er handelsnomader. Språket deres, pashtu, er et indoeuropeisk språk, av øst-irakisk opprinnelse.
Pashtunerne er delt i to hovedgrupper, Durrani og Ghilzai. Ghilzai-pashtunerne kommer fra øst. Durranigruppen holder til i sør. Viktig i pashtunkulturen er begrepet pashtunwali, som betyr troskap mot en leveregel der heder er sentralt. For det enkelte mennesket innebærer pashtunwali selvstendighet, tapperhet, selvrespekt og respekt for andre.

Tadsjikene

Tadsjikene utgjør den nest største etniske gruppen i Afghanistan. De lever for det meste i landets nordøstlige deler og i Herat-provinsen i vest mot grensen til Iran. De fleste snakker dari (et språk av persisk avstamning), som er et av Afghanistans offisielle språk.
Som pashtunerne er et klart flertall av tadsjikerne sunni-muslimer, mens rundt 5 % tilhører syvimamssekten, en shiamuslimsk retning som i mange tilfeller har vært utsatt for diskriminering. Afghan-tadsjikene livnærer seg hovedsakelig ved jordbruk, håndverk og handel.

Hasaraene

Hasaraene er Afghanistans tredje største folkegruppe. De fleste holder til i Hasarajat, et lite tilgjengelig og fattig område i midten av Afghanistan. Flertallet tilhører tolvsekten, den dominerende shia-muslimske grupperingen i landet, og kun et mindretall har bekjent seg til sunni-retningen. Hasaraene snakker hasargy, en persisk dialekt som anvender mange tyrkiske og mongolske uttrykk. I følge Hasaraenes historie er de etterkommere av mongolske soldater fra Djengis Khans hær. Hasaraene har lav status sammenlignet med andre etniske grupper og er ofte ofre for diskriminering og forfølgelse. Siden slutten av 1800-tallet har mange hasaraer flyttet til Kabul. Mange har holdt til i en egen bydel og de har tradisjonelt utgjort en stor del av den ukvalifiserte arbeidskraften.

Usbekere og turkmenere

De usbekiske og turkmenske minoritetene i Afghanistan utgjør til sammen en nesten like stor andel av landets befolkning som hasaraene. De er tradisjonelt knyttet til områdene nord for Hindu Kush-fjellkjeden i nærheten av grenseelva Amu Darya. Usbekerne livnærer seg gjennom jordbruk, håndverk og som kjøpmenn, mens turkmenerne følger en normadisk livsstil med sine geite-, heste-, eller kamelflokker. Denne livsstilen har tradisjonelt gitt dem et relativt godt økonomisk grunnlag, men gjør dem samtidig svært sårbare for krig og tørke. Både turkmenerne og usbekerne er kjent for sine håndknyttede tepper.

Mindre folkegrupper

Aimaqerne er en folkegruppe som holder til i vestdelen av Hindu Kush. De er sunni-muslimer, men har dari som hovedspråk og anvender mye låneuttrykk fra tyrkisk. Aimaqere er enten nybyggere, nomader eller en kombinasjon.

Fasiwanerne holder til i Vest-Afghanistan, nær grensen til Iran. De snakker dari og tilhører tolvimamsekten, den dominerende shia-muslimske gruppen i Afghanistan.
Nuristanerne holder til i de østafghanske fjellene der de lever av jordbruk og buskap. De er sunni-muslimer og språket deres ligner mye på dardisk, et språk som snakkes i Chitral-provinsen i det nordlige Pakistan. Språket regnes for å være svært gammelt, og det har trekk fra både persisk og hindi.

Kirgiserne er tyrkisktalende, og før krigen levde de fleste i Pamir Wakhan- korridoren, et lite tilgjengelig fjellområde. Kirgiserne holdt til i høylandet, og strevde ofte med det harde klimaet. De drev for det meste med dyrehold av yak-okser, geiter og kameler. Få kirgisere bor i Afghanistan i dag etter at de fleste flyktet til Tyrkia, Kina, Pakistan eller andre land under den sovjetiske okkupasjonen.
Blant andre mindre folkegrupper er arabere, brahuriere, mongolere, quzilbasherere, hinduer, kohistanere, gujarenere og sikher.